奧林巴斯顯微鏡為了使用時不那么容易出現故障我們就必須做好清潔工作，在奧林巴斯顯微鏡主要的就是清潔了如果你能夠排除照明不均勻或光闌設置不正確等錯誤的顯微鏡設置，接下來便是檢查樣品。如果樣品沒問題，檢查樣品載玻片和蓋玻片，必要時予以清潔。如果你仍然無法查明質量降低的原因，而且所用的浸鏡油正確無誤，那么問題可能是顯微鏡本身存在污染物。奧林巴斯顯微鏡等精密光學器件的清潔有可能降低器件的性能，不適當或不必要的清潔容易破壞器件的表面鍍膜。正確取放器件并將器件保存在專用容器中，將*大限度地減少清潔次數和器件被損壞的可能。
奧林巴斯顯微鏡的一些組件，如濾色塊和內部光學元件，應由奧林巴斯顯微鏡生產商的專家負責清潔，用戶切勿碰觸。其他容易變臟的組件可由用戶小心清潔，這些組件包括：
1)物鏡前透鏡
2)保護相機傳感器的玻璃罩，可能還有傳感器自身表面
3)聚光透鏡
4)目鏡透鏡
5)所有其他可以自由接觸的玻璃表面
推薦奧林巴斯顯微鏡清潔步驟：
1、用清潔空氣吹掉表面浮塵。如果不能吹干凈，取兩張鏡頭紙裹在棉簽上或將鏡頭紙折疊使之比要清潔的面積稍大。
2、擦拭光學零件表面時，首先應用石油醚將毛砂面和框擦干凈。
3、擦拭圓形零件時，棉花球應從中心向邊緣作螺旋線移動，同時棉花球本身也應轉動，并順勢將棉球從鏡片表面移出，不要在奧林巴斯顯微鏡鏡片邊緣停留，以免留下印跡，如果利用回轉器擦拭，則擦拭時，棉球應由中心向邊緣作直線移動，棉球本身同時轉動(棉球的自轉量應略小于一周為宜)。
4、擦拭棱鏡時，可將棉球橫放于奧林巴斯顯微鏡被擦拭的表面，以直線形式進行擦拭。
5、應在相對清潔的房間內擦拭，并用脫脂長絨棉擦拭，棉球上所含的清洗液不宜過多，擦拭奧林巴斯顯微鏡時應在分劃板刻線的交叉方向移動擦拭，以免將刻線內的填料層擦掉.
